A Nitrokémia Zrt. előde az 1921-ben, Magyar Lőporgyárüzemi Rt. néven alapított részvénytársaság. Eredetileg hadiipari alapprofillal, lőpor és robbanóanyag gyártás termelésére jött létre: Az I. világháború és a trianoni békeszerződés után a monarchia megszűnése a hadiipari létesítmények helyzetét is megváltoztatta. A honvédelmi miniszter javaslatára 1922-ben kormányülés keretében döntöttek a korábban Magyaróváron létrehozott katonai lőporgyár áttelepítéséről. A megfelelő helyszínnek – a környezeti adottságok figyelembevételével – Balatonfűzfő bizonyult. A kiválasztást az 1921-ben megalakult Magyar Lőporgyárüzemi Rt. végezte. A lőporüzemet 1924-ben kezdték építeni, és 1927-ben megindult a lőporgyártás.

Az 1928. június 30-i közgyűlésén a cég nevét Nitrokémia Ipartelepek Rt.-re változtatták.

A gyártelepet a háború ideje alatt több bombatámadás érte. A hadiipari kiemelt jelentősége miatt fokozott figyelem övezte, szerepe kiemelt volt.

A II. Világháború után a termelés jelentős átalakulása következett be. A gyáregységekben az országszerte megindult újjáépítési munkákhoz szükséges kellékanyagok, vegyszerek gyártása kezdődött. A termelési profil átalakult. Termékkörének folyamatos bővítésével az 1990-es évekre mintegy 600 hektár területen szerves- és szervetlen intermedierek, növényvédőszerek, ioncserélő műgyanták, nitrocellulózok, olajadalékok, műanyag alapanyagok és műanyagok, építőipari kemikáliák, ipari robbanóanyagok, faipari ragasztók, vegyipari és egyéb gépek, berendezések gyártása folyt, s mindezek fejlesztésére komoly kutatási bázis alakult ki. A társaság már ebben az időszakban is üzemeltetett műanyagok gyártásához kapcsolódó technológiákat. Ezek közül a legismertebb a még ma is gyártásban lévő poliészter hullámlemez és a nikecell hőszigetelő anyag.

Az 1990-es évek elejétől kezdődően a társaság eredménye fokozatosan romlott az elszenvedett piacvesztések, a magyar mezőgazdaság fizetőképtelensége, a növényvédőszer igényének jelentős csökkenése, a fejlesztések elmaradása következtében. A problémák kezelésének egyik mérföldköve 1993, amikor is a Nitrokémia Ipartelepek átalakulásából létrejött a Nitrokémia Vegyipari Részvénytársaság.

A Társaság 1997-2000 évekre vonatkozó reorganizációs programjának kidolgozását az tette szükségszerűvé, hogy a meglévő szervezeti- és tevékenységi formájában gyorsítva élte fel eszközeit, mely azzal fenyegetett, hogy 1997. év második felére pénzügyileg ellehetetlenül. A gazdasági összeomlás elkerülésének érdekében a Társaság kettévált, létrejött Nitrokémia Rt-től függetlenül működő Nitrokémia 2000 Rt.

A társaság tevékenységi köre leszűkült, ennek következtében 2006-tól neve is megváltozott A Nitrokémia Környezetvédelmi Tanácsadó és Szolgáltató Zártkörűen Működő Részvénytársaság fő profiljává a környezetvédelemi kármentesítés vált. Alapfeladatává a Nitrokémia Ipartelepek volt gyárterületén és hatásterületén, saját felelősségi körben végzett kármentesítési feladatok irányítása vált.

Kormány 2013. évben a Nitrokémia Zrt-t jelölte ki - 386/2013. (XI.7.) Kormányrendelet - az állam felelősségvállalási körén belül a MNV Zrt. feladatkörébe tartozó környezeti kármentesítési feladatok irányítására és lebonyolítására, ami folyamatosan tovább növeli társaságunk feladatvállalását és felelősségét az állami feladatok végrehajtásában.

Szintén 2013. évben döntés született a MECSEK-ÖKO Környezetvédelmi Zrt. átalakulásáról, melynek során a MECSEK-ÖKO Zrt. beolvadt a Nitrokémia Zrt-be. A beolvadás eredményeként a Nitrokémia Környezetvédelmi Tanácsadó és Szolgáltató Zrt. 2013. október 01-től átvette a Gyöngyösoroszi és Lahócai bányabezárással, valamint a Recski üzemeltetéssel kapcsolatos bányakármentesítési tevékenységeket.